Im Gegensatz zu OneDrive spiegelt SyncFolders Dateien lokal, nicht in einer Cloud. Zunächst tragen Sie die beiden Ordner ein, die synchronisiert werden sollen. Wenn Sie sich für das Kopieren vom ersten in das zweite Verzeichnis entscheiden, wird das erste als primäre Datenquelle und das zweite als Backup behandelt. Schalten Sie den "Synchronisierungsmodus" aus, wenn auch neue Dateien im zweiten Verzeichnis durch alte Dateien im ersten Verzeichnis überschrieben werden sollen.

Zudem können Sie vorgeben, dass SyncFolders Dateien im zweiten Ordner löscht, die sich nicht mehr im ersten befinden. Ist "Einbahn" nicht aktiviert, wird in beide Richtungen abgeglichen. Mit "Parallel" werden die Dateien gleichzeitig, nicht nacheinander kopiert. Aus Sicherheitsgründen ist die Funktion "Speichern einiger Informationen zum Wiederherstellen..." zu empfehlen. Das Programm legt dann jeweils den Unterordner RestoreInfo an, in dem es CHK-Dateien speichert, die ggf. zur Wiederherstellung der Originale verwendet werden können. Die Logdateien, in denen SyncFolders alle Aktionen protokolliert, finden Sie im Dokumenten-Ordner. Ein automatischer Abgleich der Ordner ist noch nicht möglich.