CryptSync gleicht den Inhalt von zwei Verzeichnissen ab. Die Dateien im gespiegelten Ordner werden dabei als 7-Zip Archive abgelegt, also komprimiert und ggf. verschlüsselt. Dadurch eignet sich das Tool besonders gut, lokale Verzeichnisse für Clouddienste wie OneDrive, DropBox oder Google Drive zu verwalten. Angenommen, Sie möchten Backups Ihrer Bilder erstellen. Dazu legen Sie mit "New Pair" einen neuen Auftrag an. In das Feld "Original folder" wird das Verzeichnis eingetragen, in das Sie die Bilder kopieren. Im zweiten Ordner (Encrypted folder) werden automatisch Kopien der Bilddateien erstellt. Um die Sicherheitsstufe zu erhöhen, legen Sie ein Passwort fest.

Weitere Optionen sind das Bestimmen von Dateitypen, die nicht gesichert oder die nur kopiert, aber nicht verschlüsselt werden sollen. Abschließend legen Sie noch fest, in welchem Minutentakt die Ordner zu scannen sind (Interval for full scans in minutes). Die komprimierten Dateiarchive lassen sich mit einem Entpacker, der das ZIP-Format beherrscht, öffnen, vorausgesetzt, das richtige Passwort wurde eingegeben. Änderungen werden optional auch in beide Richtungen (Both ways) vorgenommen. Das Tool startet bei entsprechender Vorgabe automatisch mit Windows (Start with Windows) und verrichtet seinen Dienst im Hintergrund (Run in Background).