Pencil2D erhebt Sie in den Stand eines Regisseurs, der sich in der Kunst des Zeichentrickfilms ausleben darf. Eine Animation besteht aus mindestens einer Ebene (Layer). Eine Ebene selbst setzt sich aus einzelnen Frames zusammen. Die Anzahl der Ebenen bestimmen Sie über das gleichnamige Menü. Neben Bitmap- oder Vektor-Grafiken (PNG, JPG, TIF, BMP) lassen sich Sounddateien (WAV, MP3) und Kameraeinstellungen als Ebenen einrichten. Das Werkzeuge-Menü bietet zum Zeichnen eine Standardausrüstung wie Bleistift, Pinsel, Fülleimer und Linien. Mit "Auswählen" markieren Sie Bereiche, die dann für sich bearbeitet werden können.

In der Zeitleiste wird durch das Verschieben einer Framemarkierung dessen Laufzeit verändert. Über die untere Buttonleiste oder das Animation-Menü fügen Sie der aktiven Ebene einen Frame hinzu (F7). Ein Klick auf den Abspielen-Button bietet eine Vorschau der Animation, die sich unendlich wiederholt, wenn Sie "Schleife" aktivieren. Eine Animation lässt sich als Bilderserie (PNG, BMP oder JPG) oder MP4-Video exportieren. Das Programm setzt Visual C++ Runtime 2015 voraus.