Der BCUninstaller durchsucht Ihr System nach allen Programmen, die darauf installiert sind und die einen eigenen Uninstaller mitgebracht haben. Normalerweise wird ein Programm durch dessen Uninstaller vollständig entfernt. Aus verschiedenen Gründen kann es jedoch passieren, dass nach einer Deinstallation Programmreste zurück bleiben. Der BCUninstaller markiert solche als "Verwaiste Anwendung". Er kann sie im "manuellen" Modus entfernen. Grün markiert er Uninstaller mit gültigem und blau solche mit ungeprüftem Zertifikat. Apps aus dem Windows Store werden leuchtend blau hervorgehoben und beschädigte ("ungültige") Uninstaller markiert er grau. Nach dem Abschluss der Installation werden Sie ggf. gefragt, ob der BCUninstaller nach Resten des eben gelöschten Programms suchen soll.

Danach zeigt er eine Liste der Rest-Einträge, die er in der Registry gefunden hat. Vor dem Löschen dieser Einträge sollten Sie zur Sicherheit BCUninstaller ein Backup der Registry anlegen lassen. Sie möchten ein bestimmtes Fenster loswerden, wissen aber nicht, welches Programm dahinter steckt? Klicken Sie auf das Plus-Zeichen und ziehen Sie dieses anschließend auf diese Fenster und schon werden Sie darüber informiert, welches Programm das Fenster verursacht. Der BCUninstaller bietet vor jedem Löschvorgang an, einen Wiederherstellungspunkt zu erzeugen, mit dessen Hilfe Sie die Löschung notfalls rückgängig machen können. Während des Löschvorgangs kann ein Kommandozeilenfenster auftauchen, in dem Sie gefragt werden, ob Sie diese oder jene Datei löschen möchten. In dem Fall geben Sie immer J für Ja ein.