HoDoKu erzeugt Sudokus in den fünf Schwierigkeitsgraden Leicht, Mittel, Schwer, Unfair oder Extrem. Kommen Sie mal nicht mehr weiter, können Sie sich hilfreiche Hinweise und sogar den kompletten Lösungsweg zeigen lassen. Ein neues Sudoku startet man über das Datei-Menü oder den Button "Neues Sudoku erzeugen". Die Anzeigen aller möglichen Zahlen, die in ein Feld eingetragen werden können, lässt sich in den Optionen (Alle Kandidaten anzeigen) abstellen. Sobald Sie eine Zahl eintragen, erscheint sie rot, wenn sie nicht passt bzw. blau, wenn sie korrekt ist. Diese Hinweise werden auch in den Optionen (Ungültige Werte anzeigen) deaktiviert. Mit der Entf-Taste löschen Sie Ihren Eintrag.

Neben dem Standard-Modus (Spielen) gibt es noch den Lernen- und den Üben-Modus. Bei beiden können Sie Techniken auswählen, von denen mindestens eine Instanz in jedem neuen Sudoku enthalten ist. Der einzige Unterschied von "Üben" zu "Lernen" ist, dass das neu erzeugte Sudoku im Anfangszustand angezeigt wird. Über "Erweiterter Druck" im Datei-Menü können Sie sich eine beliebige Anzahl Sudokus ausdrucken lassen. In den Optionen finden Sie die Sudoku-Variante ColorKu. Dabei gilt es statt Zahlen Farben einzutragen.