Mit Xournal fügen Sie Texte, Grafiken und Markierungen in ein PDF-Dokument ein. Beim Anlegen eines neuen Dokuments, das in das PDF-Format exportiert werden kann, bestimmen Sie das Papierformat, die Papierfarbe und -art wie leer, kariert bzw. liniert mit oder ohne Rand. Beim Öffnen einer PDF-Datei (Datei - PDF annotieren) wird deren Inhalt als Hintergrund verwendet, der nicht direkt verändert werden kann. Sie können jedoch Ebenen (Seite - Neue Ebene) auf das Original legen und alles zusammen als PDF abspeichern. Außerdem lässt sich eine komplett neue Seite in das PDF-Dokument einbinden.

Als Werkzeuge stehen ein Stift, Textmarker, Radierer oder das Einfügen von Grafiken zur Auswahl. Für gerade Linien beim Zeichnen und Markierungen sorgt die Linealfunktion. Auswahlwerkzeuge dienen dazu, die Position einzelner (Rechteck) oder aller (Vertikaler Abstand) Objekte einer Ebene zu verändern. In den Optionen lassen sich der mittleren und rechten Maustaste bestimmte Funktionen wie Radierer etc. zuweisen. Für handschriftliche Notizen sollte man möglichst Tablet oder Grafiktablett verwenden.