Compact Timer kann als Stoppuhr, Wecker mit Erinnerungsfunktion sowie als Countdown- bzw. Countup-Zähler eingesetzt werden. Nach einem Klick auf den New-Button öffnet sich ein Fenster. Hier richten Sie einen neuen Timer ein. Unter Reminder Message tragen Sie einen kurzen Text ein, der nach Ablauf der Zeit angezeigt werden soll. Der Text erscheint in einem Fenster und wird Ihnen auf Wunsch per Email zugesandt. Der Nachricht verleihen Sie durch ein akustisches Signal Nachdruck. Das Programm verwendet dafür entweder eine eigene Audiodatei oder eine Ihrer WAV-Dateien. Zusätzlich zur Textanzeige kann Compact Timer ein Programm starten oder eine Internetseite aufrufen (Actions - Add File/Add Link).

Jeder eingerichtete Timer wird automatisch gespeichert. Das Anzeigen und Editieren aller gespeicherten Timer erfolgt über Manage Timers im Filemenü. Vorteilhaft ist die Möglichkeit, dass mehrere Timer gleichzeitig gestartet werden können. In den Optionen aktivieren Sie den automatischen Start mit Windows, setzen das Programmfenster auf "Immer im Vordergrund" und teilen Compact Timer die Daten Ihres Emailaccounts mit. Im Viewmenü unter Opacity verändern Sie die Transparenz des Programmfensters.